Prof. Dr. Alper Ağca, refraktif cerrahi (SMILE göz ameliyatı, LASIK, PRK / No Touch, fakik göz içi merceği ve akıllı lens uygulamaları), kornea hastalıkları, keratokonus ve katarakt ile ilgilenmektedir. Akıllı lens ameliyatlarını hem katarakt ameliyatıyla birlikte hem de yalnızca gözlük bağımlılığını azaltmak amacıyla yoğun olarak uygulamaktadır. Kornea nakli ameliyatlarında penetran keratoplasti, DALK ve DMEK yöntemlerini, oküler yüzey rekonstrüksiyonunda kök hücre naklini kullanmaktadır. Hangi yöntemin hangi durumda uygulandığı kornea nakli sayfasında anlatılmaktadır.
Ağca, SMILE lazer ameliyatlarını 2012'den bu yana uygulamaktadır. Eyecryl fakik göz içi merceğini ise Ağca 2016'dan beri uygulamaktadır. Ağca ve ark. Eyecryl fakik göz içi merceğinin klinik sonuçlarını bildiren seriyi ve uzun dönem takibini yayımlamıştır.
Ağca, ameliyatlarını SMILE cerrahisinde kullanılan yeni nesil VisuMax 800 femtosaniye lazer sistemiyle yapmaktadır. Eski nesil VisuMax 500 üretimden kalkmıştır. Yeni nesil cihazla yapılan lazer ameliyatına SMILE lazer değil, SMILE Pro lazer adı verilmektedir. Ancak pratikte iki terim birbirinin yerine kullanılabilmektedir ve bu sitede aralarında ayrım yapılmamıştır.
Prof. Dr. Alper Ağca özellikle komplike olgularla ilgilenmektedir: komplike kataraktlar, skleral fiksasyonlu göz içi merceği, çocuklarda katarakt ameliyatı, ince ve düzensiz kornealarda refraktif cerrahi, tekrarlayan kornea nakilleri. Bu olguların bir bölümünün sonuçları hakemli dergilerde yayımlanmıştır.
Keratokonusta çapraz bağlama (crosslinking), kornea içi halka ve lazerle çapraz bağlamanın aynı seansta uygulandığı kombine tedavileri kullanmaktadır. Bu tedavilerin sonuçları da hakemli dergilerde yayımlanmıştır.